Nome del laboratorio ed ente di afferenza:
Laboratorio di Bioinformatica, CEINGE/Universita' di Napoli 'Federico II'
Responsabile/referente: Prof. Giovanni Paolella
Descrizione sintetica delle attività svolte:
- Analisi computazionale di dati genomici (Banche dati di sequenze conservate, valutazioni di strutture secondarie di RNA)
- Sequenziamento e analisi di genomi batterici
- Immagini da microscopia ottica
Risorse hw/sw disponibili:
Cluster 56 nodi biprocessore, diversi server multiprocessore, Storage SAN, maggiori packages installati con circa 100 banche dati.
Pubblicazioni nel campo bioinformatico - biocomputazionale (max. 5):
1. Boccia A., Petrillo M., di Bernardo D., Guffanti A., Mignone F., Confalonieri S., Luzi L., Pesole G., Paolella G., Ballabio A. and Banfi S.. (2005) DG-CST (Disease Gene Conserved Sequence Tags), a database of human–mouse conserved elements associated to disease genes. Nucl. Acids Res. 33, D505-510.
2. Milanesi L., Petrillo M., Sepe L., Boccia A., D'agostino N., Passamano M., Dinardo S., Casadio R. and Paolella G. (2005). Systematic analysis of human kinase genes: a large number of genes and alternative splicing events result in functional and structural diversity. BMC Bioinformatics. 6(Suppl 4):S20 ISSN: 1471-2105.
3. Petrillo M., Silvestro G., Di Nocera P., Boccia A. and Paolella G. Stem-loop structures in prokaryotic genomes (2006) BMC Genomics, 7:170
4. Boccia A., Busiello G., Milanesi L. and Paolella G. (2007) A Fast Job Scheduling System for a Wide Range of Bioinformatic Applications IEEE Trans. Nanobioscience 6, 2
5. Cozzuto L, Petrillo M, Silvestro G, Di Nocera PP, Paolella G. (2008) Systematic identification of stem-loop containing sequence families in bacterial genomes. BMC Genomics. 9(1):20