Nome del laboratorio ed ente di afferenza:
Gruppo di Struttura e Dinamica di Biomolecole Complesse, Istituto di Biostrutture e Bioimmagini, CNR, Napoli
Responsabile/referente: Dott. Luigi Vitagliano
Descrizione sintetica delle attività svolte:
Analisi delle correlazioni struttura-funzione in biomolecole complesse mediante approcci sperimentali (spettroscopia e cristallografia) e computazionali (modellistica molecolare, dinamica molecolare, analisi di banche dati strutturali); studio di varianti di proteine umane associate a gravi patologie; definizione dei processi di misfolding e dei meccanismi di tossicità di fibre ed oligomeri amiloidi; sviluppo di programmi per l’analisi di specifici motivi strutturali in proteine; design e caratterizzazione di nuove molecole di interesse farmaceutico.
Risorse hw/sw disponibili:
Cluster con 16 biprocessori, numerosi monoprocessori e biprocessori, stazioni per applicazioni di grafica molecolare, software per studi di dinamica molecolare, homology modelling, programmi per l’analisi di motivi strutturali in proteine.
Pubblicazioni nel campo bioinformatico - biocomputazionale (max. 5):
1. De Simone A, Esposito L, Pedone C, Vitagliano L. 2008. Insights into stability and toxicity of amyloid-like oligomers by replica exchange molecular dynamics analyses. Biophys. J. In the press.
2. Esposito L, Paladino A, Pedone C, Vitagliano L. 2008. Insights into structure, stability and toxicity of monomeric and aggregated polyglutamine models from molecular dynamics simulations. Biophys. J. 94, 4031-40
3. Vitagliano L, Ruggiero A, Pedone C, Berisio, R. 2007. A Molecular Dynamics Study of Pilus Subunits: Insights into Pilus Biogenesis. J Mol Biol. 367, 935-41.
4. Esposito, L., Pedone, C., Vitagliano, L. 2006. Molecular dynamics analyses of cross ?-spine steric zipper models: ?-sheet twisting and aggregation. Proc Natl Acad Sci U S A. 103, 11533-8.
5. Esposito, L., De Simone, A., Zagari, A., Vitagliano, L. 2005. Correlation between omega and psi dihedral angles in protein structures. J Mol Biol. 347, 483-7.