Nome del laboratorio ed ente di afferenza:
Laboratorio di Biochimica Informatica – Università di Napoli “Federico II”
Responsabile/referente: Prof. Maria Vittoria Cubellis
Descrizione sintetica delle attività svolte:
Attività di Ricerca :analisi di snps su larga scala e in proteine malattia specifiche, docking di proteine e piccole molecole per la ricerca di nuovi farmaci
Attività Didattica: titolare del corso di laboratorio di bioinformatica e del corso di laboratorio di bioinformatica alla Facolta di Scienze MM.FF.NN. dell’Univ. “Federico II”. Docente di Bioinformatica per il corso di laurea specialistica in biotecnologie alla Seconda Universita' di Napoli.
Risorse hw/sw disponibili:
Nodo biprocessore con Xeon 3000 Dual Core
Pubblicazioni nel campo bioinformatico - biocomputazionale (max. 5):
1. Degryse, B., Fernandez-Recio, J., Citro, V., Blasi, F., Cubellis M.V. In silico docking of urokinase plasminogen activator and integrins. BMC bioinformatics in press
2. Mizuguchi K , Sele M , Cubellis MV . Environment specific substitution tables for thermophilic proteins BMC Bioinformatics (2007) 8(Suppl 1):S15
3. Di Leva F, D’Adamo P, Cubellis MV, D’Eustacchio A, Errichiello M, Saulino C, Auletta G, Giannini P, Donaudy F, Ciccodicola A, Gasparini P, Franze A, Marciano E. Identification of a novel mutation in the myosin VIIA motor domain in a family with autosomal dominant hearing loss (DFNA11). Audiol Neurootol. (2006);11(3):157-64
4. Cubellis M V, Caillez F, Lovell SC. Secondary structure assignment that more accurately reflects physical and evolutionary characteristics. BMC Bioinformatics (2005) 2005 ;6 Sup 4:S8
5. Cubellis M V, Caillez F, Blundell TL, Lovell SC. Properties of Polyproline II, a secondary structure element implicated in protein-protein interactions. Proteins (2005) 58:880-892